La présence de différents microbiotes chez l’adulte humain en fonction des parties du corps (intestin, peau, bouche,…), a été largement étudiée au cours de ces dernières années et est à présent bien reconnue. Cependant de nombreuses questions persistent sur la colonisation en début de vie et en quoi celle-ci est déterminante pour notre santé future. Pendant de nombreuses années, l’enfant à naître était considéré stérile. Aujourd’hui, la recherche sur les microbiotes ébranle ce paradigme en suggérant que le nouveau-né ne naît pas stérile.
En 2017, Chu et al ont étudié les variations du microbiote néonatal à l’accouchement puis à l’âge de 6 semaines sur plusieurs sites corporels (peau, cavité buccale, narines et selles) parmi une cohorte de 157 femmes enceintes. A l’accouchement, les résultats de l’étude ont démontré que la structure de la communauté microbienne néonatale reste homogène quels que soient les sites corporels étudiés (bouche, narines, peau), à l’exception du microbiote digestif. En effet, alors que l’analyse des différents sites prélevés chez l’enfant a révélé un microbiote semblable au microbiote vaginal ou cutané de la mère (selon les modes d’accouchement par voie basse ou césarienne, respectivement), l’analyse du méconium (première selle du nouveau-né) a ,quant à elle, montré que le microbiote digestif possède une origine maternelle distincte de celle des autres microbiotes du nouveau-né.
De façon surprenante, le microbiote digestif du nouveau-né abrite 10% de bactéries appartenant aux genres Escherichia et Klebsiella. Ces bactéries sont des commensales opportunistes, c’est-à-dire, des bactéries normalement présentes dans l’organisme sans l’affecter, mais qui peuvent provoquer une maladie à la suite d’une diminution des défenses de l’organisme. Quelle est l’origine de ces bactéries ?
Le méconium provient de l’ingestion de liquide amniotique par le fœtus. Il est donc supposé refléter le contenu bactérien in utero. Chu et al proposent que l’ensemble des bactéries composant le microbiote digestif du nouveau-né a été transmis pendant la gestation, suggérant ainsi l’existence d’un microbiote placentaire. L’ensemencement du microbiote chez l’homme pourrait donc se produire bien avant l’accouchement.
Une récente étude a remis en cause le modèle proposé par Chu et son équipe. En 2019, MC de Goffau et al. ont publié une étude prouvant l’absence du microbiote placentaire.
A travers l’étude des biopsies placentaires provenant de 537 femmes, les quantités d’ADN bactérien retrouvées au niveau du placenta sont très faibles et pourraient être le résultat d’une contamination :
- Contamination du placenta pendant le travail ou lors de l’accouchement
- Contamination de l’échantillon placentaire lors des étapes pré-analytiques (prélèvement) et analytiques (extraction de l’ADN)
- Contamination liée aux réactifs utilisés
Lors de cette étude, un seul signal a été qualifié d’authentique, c’est la présence de Streptococcus Agalactiae (Streptocoques du groupe B). Ce signal a été détecté dans environ 5% des échantillons prélevés avant le début du travail et a été validé par 2 méthodes indépendantes (métagénomique 16S et qPCR). Parmi tous les signaux observés, c’est le seul organisme trouvé répondant à tous les critères d’un véritable signal bactérien associé au placenta et non à une contamination. Ainsi dans leur étude, les auteurs concluent que le placenta humain ne possède pas de microbiote, mais que celui-ci représente une source potentielle d’infection à Streptococcus Agalactiae qui est connue pour être une cause majeure de septicémie néonatale.
L’existence d’un microbiote placentaire reste donc aujourd’hui controversée. De nouvelles études sont nécessaires afin de prouver ou réfuter les hypothèses avancées.
M. Ibarlucea & A. Plauzolles
Références
– Chu, D. M., Ma, J., Prince, A. L., Antony, K. M., Seferovic, M. D., & Aagaard, K. M. (2017). Maturation of the infant microbiome community structure and function across multiple body sites and in relation to mode of delivery. Nature medicine, 23(3), 314.
– de Goffau, M. C., Lager, S., Sovio, U., Gaccioli, F., Cook, E., Peacock, S. J., … & Smith, G. C. (2019). Human placenta has no microbiome but can contain potential pathogens. Nature, 572(7769), 329-334.