Qu’est-ce que le microbiote ?
Le microbiote représente l’ensemble des micro-organismes vivants qui évoluent dans un environnement spécifique. Parmi toutes ces espèces (bactéries, virus, champignons et levures), les bactéries constituent une population importante qui vit en permanence avec l’homme. Ainsi, dès notre naissance nous vivons en symbiose avec des milliards de bactéries qui colonisent notre organisme jusqu’à notre mort. Il existe plusieurs microbiotes associés au corps humain parmi lesquels on peut citer le microbiote de la peau, la bouche, les bronches, le vagin, mais également le microbiote intestinal qui est le plus riche mais aussi le plus diversifié (en particulier au niveau du colon).
Des organismes essentiels à notre vie et notre bonne santé
Depuis des millions d’années les bactéries ont su évoluer et s’adapter de façon à devenir indispensables au corps humain. Ainsi, ces organismes qui jusqu’à récemment étaient vus comme néfastes pour l’homme sont apparus comme des organismes essentiels à notre vie et notre bonne santé. Depuis une vingtaine d’années, grâce au développement d’approches génétiques et génomiques notamment avec l’analyse du gène codant l’ARNr 16S (appelée métagénomique), notre connaissance des bactéries n’a cessé de croître. Cette relation interdépendante entre l’homme et les bactéries est le résultat d’une cohabitation harmonieuse qui contribue à de nombreux processus physiologiques chez son hôte (Hooper et Macpherson, 2010) avec en retour l’hôte qui fournit une niche riche en nutriments dans laquelle les bactéries peuvent prospérer. Ainsi, les bactéries aident à la digestion de nombreuses substances alimentaires (efficacité digestive) mais également à la synthèse de vitamines et acides aminés essentiels (Qin et al., 2010) et à l’éducation/maturation de notre système immunitaire. De plus, elles produisent des substances bactéricides aidant à limiter l’invasion par des bactéries pathogènes (Neish, 2009). Néanmoins, cette cohabitation n’est harmonieuse que tant qu’un équilibre est maintenu. En effet, bien que de nombreuses bactéries soient bénéfiques pour l’homme, certaines peuvent se révéler nocives et d’autres peuvent devenir délétères en cas de déséquilibres. Ainsi, des perturbations passagères, infections, allergies ou pathologies plus graves peuvent être associées à des perturbations du microbiote. De nombreuses études ont observé des déséquilibres associés à de nombreuses pathologies telles que les maladies métaboliques (ex : obésité, diabète de type 2), les maladies digestives (ex : Syndrome de l’intestin irritable, maladie de Crohn, rectocolite hémorragique), les cancers (cancérogenèse et thérapies anticancéreuses), les maladies auto-immunes (ex : lupus, diabète de type 1), les maladies neurologiques (ex : Parkinson, autisme, syndrome de fatigue chronique, schizophrénie), mais également les maladies cardiovasculaires (ex : hypertension artérielle, athérosclérose et insuffisance cardiaque).
Aujourd’hui le microbiote révolutionne la science, la médecine et la nutrition et constitue un indicateur de santé humain avec une place de choix dans le parcours médical du patient pour le diagnostic et pronostic de pathologies mais également en tant qu’indicateur de tolérance et réponse aux traitements.
Références :
Hooper, L. V., & Macpherson, A. J. (2010). Immune adaptations that maintain homeostasis with the intestinal microbiota. Nature Reviews Immunology, 10(3), 159.
Qin, J., Li, R., Raes, J., Arumugam, M., Burgdorf, K. S., Manichanh, C., … & Mende, D. R. (2010). A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. nature, 464(7285), 59.
Neish, A. S. (2009). Microbes in gastrointestinal health and disease. Gastroenterology, 136(1), 65-80.